Harith Iskander dilahirkan pada 7 Ogos 1966 dan dibesarkan di Johor Bahru, .[10] Bapanya Musa Ibrahim ialah anak jati negeri Johor manakala ibunya Jane Musa berketurunan Scotland dari puak Grant bekerja di Bandar Raya New York sebagai seorang setiausaha Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu;[11] mereka berdua bertemu di Republik Demokratik Congo semasa Krisis Congo di mana Musa ditugaskan sebagai seorang anggota kor pengaman dihantar kerajaan Malaysia di sana manakala Jane bekerja sebagai sebahagian daripada kakitangan PBB itu.[11]

Harith memasuki Universiti Curtin di Perth, Australia dalam jurusan kewartawanan dan memperoleh Ijazah Sarjana Muda Sastera dalam Bahasa Inggeris. Beliau menamatkan pengajian pada tahun 1988.[3][12]

Semasa pengajiannya di universiti pada usia remaja, Harith membuat keputusan tegas menghayati budaya Australia sepenuhnya semasa tempohnya dalam pengajian antarabangsa nyawalaupun kebencian beliau untuk belajar.[3] Sebagai contoh, rasa ingin tahu telah membawanya kepada mecuba sukan kriket.[1][3] Pada ketika yang lain, Harith menyifatkan masa di mana beliau memasuki sebuah kedai dewasa di Australia selepas tiba dari Malaysia, hanya untuk mengetahui bahawa kedai itu penuh dengan pelajar Malaysia.[1][3]